El Museo de las Culturas de Oaxaca, se encuentra en la parte alta del ex-convento y cuenta con 14 salas de exposiciones permanentes y 13 salas temáticas, que, a través de piezas rudimentarias, obras de arte y vestigios arqueológicos, ofrecen al visitante un panorama de 10 mil años de historia del estado de Oaxaca; desde los primeros asentamientos sedentarios y el florecimiento de las grandes culturas prehispánicas.